(1)生物性污染:主要由微生物、寄生虫及虫卵和昆虫所致。

(2)化学性污染:包括有害金属、非金属、有机化合物和无机化合物。比如，汞、铅、砷、亚硝酸盐等。它们来源于农药、化肥、包装材料、运输工具、工业废水等。

(3)物理性污染:主要来源于复杂的多种非化学性的杂物，包括来自食品产、储、运、销的污染物，液体食品容器中的杂物、食品运销过程中的灰尘及苍蝇等;食品的掺假、使假，如肉中注入的水等;食品的放射性污染，主要来自放射性物质的开采、冶炼、生产、应用及意外事故造成的污染，如日本福岛核电站由于地震的影响对周围环境和生物造成的放射性污染。