清流，古属黄连峒。周、春秋末为闽越地。秦属闽中郡。汉属闽越。东汉属会稽南郡。三国属建安郡。西晋为新罗县，属晋安郡。东晋属宁化麻仓里，设清流驿。隋开皇（581～600年）时并入邵武县。唐开元二十六年（738年），改属汀州府龙岩县。后唐为长汀、宁化两县地，属汀州府。五代初属闽王，后属南唐。

　　宋元符元年（1098年），划宁化6团里、长汀2团里置清流县，以“溪流回环清澈”故名，属汀州府。县治设坊郭里。绍定元年（1228年），撤销县建置。清流境域为东西170里，南北200里。东至南剑州沙县界110里，以龙安为界；西至宁化县界20里，以草鞋岭为界；南至宁化县界15里，以百步岭为界；北至宁化县界20里，以金船岭为界；东南至连城县界100里，以上琴坪为界；东北至南剑州将乐县界130里，以覆船冈为界；西北至宁化县界30里，以大船岭为界。

　　元至元八年（1271年），复置清流县，属汀州路。明洪武元年（1368年），清流属汀州府。成化七年（1471年），析2里置归化县（今明溪），清流境域“自南而北有150里，自西而东有130里”。清代仍属汀州府。

　　民国元年（1912年），清流属福建省西路道，民国3年属汀漳道（道所龙岩）。民国21年，清流县苏维埃政府成立，清流属中央苏区，直至民国23年红军北上抗日。民国23年，清流属第八行政督察专员公署（治所长汀）。翌年10月，属第七行政督察区。民国35年，属第九行政督察区。翌年7月，属第六行政督察区（治所永安）。清道光至民国间，清流境域：东至永安200里，以大岭顶为界；西至宁化县，以金钱隘为界；南至连城县135里，以上琴坪为界；北至归化县，以五通凹为界。

　　1950年2月22日，清流解放，清流属福建省政府永安专员公署。1956年5月，并入龙岩专员公署。1959年2月，清流、宁化合并，称清宁县。罗坊、塘前公社分别划归永安、连城管辖。1961年6月6日（9月批准）恢复清流县建置，属龙岩专员公署。

　　1963年5月，属三明专员公署。1968年，属三明地区革命委员会。1968年11月7日，成立清流县革命委员会。1980年10月28日，清流县革命委员会改称清流县政府，仍属三明专员公署。1983年4月至今，属三明市管辖。

　　1968年11月，成立清流县革命委员会，属三明地区革命委员会。全县设14个公社革命委员会、111个大队。1980年4月，全县设14个公社管理委员会、108个大队。同年10月，清流县革命委员会改称清流县人民政府。

　　1982年3月，全县设1个镇和14个公社管理委员会、108个大队和5个居委会。

　　1983年4月，三明地区实行“市带县”的领导体制，清流县属三明市管辖。

　　1984年9月，行政区划恢复乡镇建制，设15个乡镇人民政府、112个村和5个居委会。

　　1990年，全县设3镇12乡和111村、4个居委会。1992年10～12月，灵地乡、长校乡撤乡建镇，全县设5镇10乡，111个村和4个居委会。

　　2003年5月，居委会整合改称社区居民委员会。

　　2006年9月，龙津镇和东华乡合并为龙津镇，全县设5镇9乡，111个村和7个社区居民委员会。2007年12月，邓家乡并入灵地镇，全县设5镇8乡，111个村和7个社区居民委员会。

　　2008年8月，灵地镇设立瑞云社区居民委员会。

    2011年末，清流县辖龙津、嵩口、嵩溪、灵地、长校5个镇，林畲、温郊、余朋、沙芜、赖坊、李家、里田、田源8个乡，共13个乡镇；辖有8个社区居民委员会、111个村民委员会；下设49个居民小组、893个村民小组。　 

    2014年,全县为5镇8乡111个村民委员会和8个社区居民委员会。下设49个居民小组、893个村民小组。 

    2017年，赖坊乡撤乡改镇为赖坊镇。 

    2018年，林畲乡撤乡改镇为林畲镇。 

　　清流县情：

　　清流地处福建省西部，因县城“清溪环绕、碧水洄流”故名“清流”，总面积1825平方公里，辖13个乡镇、120个村（居），总人口16万。清流，是薪火相传的中央苏区，属21个原中央苏区县之一，是毛主席《如梦令·元旦》诗词主要诞生地，毛泽东、朱德等革命伟人都在这里留下过战斗足迹。先后有2.7万人参加革命、6000多人参加红军，2800多人参加长征，到陕北仅剩3人，为中国革命作出特殊贡献和巨大牺牲。是底蕴厚重的历史名城，境内有福建最古老的古人类化石遗址“狐狸洞”，有1个国家级历史文化名村、4个国家级传统村落；自1098年北宋元符元年建县后，先后出了38位进士。是清新美丽的生态福地，获评全国生态旅游县，森林覆盖率达80.2%；拥有全国唯一含锗国家级温泉地质公园天芳悦潭旅游度假区。是资源富饶的产业热土，拥有全国最大的精品国兰繁育基地，全省最大的鲜切花基地、淡水鱼养殖基地、蛋鸡产业园，萤石矿储量为福建之最，石灰岩、石英石储量居全省前列，是全国主要基础氟产品生产基地。